Родился в Париже, отец — Луи Шарпантье, по профессии «ma?tre ?crivain» (фр. переписчик официальных документов). Когда Марк-Антуан начал заниматься музыкой, неизвестно.
В начале 1660-х Шарпантье едет в Италию изучать живопись, но вместо этого на три года